Spécialiste de l’histoire du Languedoc médiéval et en particulier des villes (notamment d’Albi) et de la religion. Ses nombreux travaux sur l’hérésie languedocienne (dite à tort « cathare ») et sur l’Inquisition constituent des références de premier plan pour les historiens. Avec Monique Zerner, J.-L. Biget a été l’un des premiers à remettre en cause l’existence de mouvements dualistes et d’organisations hérétiques réellement structurées au xiie siècle en Occident – malgré les affirmations des ecclésiastiques, soucieux de discréditer et de criminaliser les contestations, quitte à falsifier la réalité.

Il est secrétaire général du Comité historique de Fanjeaux, qui organise depuis 1966 les colloque de Fanjeaux consacrés à l’histoire de la religion dans le Midi médiéval et en publie les actes dans la collection des Cahiers de Fanjeaux. En 1994, après la disparition de Marie-Humbert Vicaire, il est devenu responsable de l’édition des Cahiers de Fanjeaux, fonction qu’il a remplie jusqu’en 2004.

Il est membre du Comité de bien de la Cité épiscopale d’Albi inscrite au Patrimoine mondial de l’UNESCO le 31 juillet 2010, reconnaissance à laquelle il a participé en qualité de contributeurs scientifiques.